Jest najstarszą polska apteką. Powstała w 1609 roku, a założył ją Szymon Piechowicz medyk, profesor i rektor Akademii Zamojskiej. Mimo burz dziejowych nieprzerwanie działa do dziś, w tym samym miejscu, w rogu Rynku Wielkiego, na parterze kamienicy Piechowiczowskiej. Kolejni właściciele dbali o jej znakomity wizerunek podejmując niejednokrotnie działania nowatorskie. Pod koniec XIX wieku apteka prowadziła Stację Higieniczną, która była jednym z pierwszych w laboratoriów badających jakość żywności i wody. Bogatą historię Apteki Rektorskiej można poznać zwiedzając działającą przy niej Izbę Pamięci w której zgromadzono kilkaset zabytków, m.in. mikroskop z 1888 roku, bogaty zbiór książek i dokumentów, oraz biedermeierowskie, dębowe gabloty i regały apteczne. Izba Pamięci udostępniana jest na życzenie w godzinach otwarcia apteki.
Ten obiekt występuje także w trasach zwiedzania ze ścieżkami audio